Радом Центра руководе Скупштина и председник.

Скупштину Центра чине сви његови чланови. Скупштина се редовно састаје једном годишње. Ванредна седница Скупштине може се заказати на образложени предлог председника, као и на иницијативу најмање једне трећине чланова Скупштине.

Председник је инокосни извршни орган Центра који се стара о спровођењу циљева утврђених Статутом. Мандат председника траје четири године са могућношћу реизбора. Тренутни председник Центра је Изабела Сич Косо.

Административне послове Центра обавља секретаријат.