Програмски савет стручни је орган Центра за истраживање протестантизма „Гашпар Кароли” кога чине сви његови редовни сарадници. 

Између осталог, Програмски савет доноси програм научноистраживачког рада Центра и образује радне групе у циљу његовог спровођења. Савет, такође, одобрава научноистраживачке пројекте сарадника, анализира и оцењује њихов рад, одлучује о организовању и појединостима конференција, семинара и других скупова Центра, даје мишљење о захтеву за стицање звања редовни сарадник Центра, одлучује о стицању и одузимању статуса спољног сарадника Центра, утврђује програмску политику часописа Центра и образује његова тела, и овоме слично. 

Радом Програмског савета руководи председник Програмског савета.