A Károli Gáspár Protestáns Kutatóközpont könyvtára az intézmény önálló szervezeti egysége, amely a könyvalaphoz és a dokumentációhoz kapcsolódó feladatokat szervezi és végzi.

A Károli könyvtár könyvalapja többezer példányban tartalmaz válogatott monográfiákat, sorozatkiadványokat, folyóiratokat, enciklopédiákat, szótárakat, évkönyveket és egyéb kézikönyveket. A könyvtári gyűjtemény fő része magyar nyelvű kiadványokból áll. Az anyag leginkább a teológia és más humán tudományok területén összegyűjtött kiadványok.

A könyvtár fenntartja a Károli Gáspár Protestáns Kutatóközpont repozitóriumát, ahol az intézményen belül megjelenített tanulmány, valamint a központ időszakos és egyéb kiadványait letétbe helyezik. A könyvtár felhasználói elsősorban a Központ kutatói és munkatársai. 

A Károli Gáspár Protestáns Kutatóközpont könyvtári szolgáltatása kizárólag a bibliotéka szabálykönyvnek megfelelően vehető igénybe.

A könyvtár elektronikus katalógusa folyamatosan növekszik.