A Programtanács a Károli Gáspár Protestáns Kutatóközpont tudományos egysége, amely magában foglalja a Központ valamennyi kutatóját.  

A Programtanács feladatai közé tartozik a Központ kutatási tevékenységeinek átfogó programjának meghatározása, valamint különböző bizottságok és munkacsoportok létrehozása ezek végrehajtásának érdekében. A Tanács jóváhagyja a munkatársak kutatási projektjeit, elemzi és értékeli a Kutatóközpont általános tudományos munkáját, és dönt a Központ által szervezett konferenciák, szemináriumok, valamint egyéb kongresszusok megrendezéséről. Emellett véleményezi a „Központ kutatója” cím elnyerésére irányuló kérelmeket, dönt a külső munkatársi státusz megadásáról vagy visszavonásáról, meghatározza a Központ tudományos folyóiratának koncepcióját, létrehozza annak szerkesztőségét és egyéb szerveit, valamint dönt azok összetételéről.  

A Programtanács munkáját a Programtanács elnöke vezeti.