A Kutatóközpont irányítását a közgyűlés és az elnök látja el.

A közgyűlést a Kutatóközpont tagjai alkotják. A közgyűlés évente egyszer tart Fő ülést. Rendkívüli közgyűlést az elnök vagy a közgyűlésben lévő tagok egyharmadának tételes indítványa alapján lehet megtartani.

Az elnök a Kutatóközpont vezérigazgatója, aki felelős a Kutatóközpont alapszabályában meghatározott céljainak megvalósításáért. Az elnök megbízása négy évre szól, újraválasztási lehetőséggel. A Kutatóközpont hivatalban lévő elnöke Szűcs Kószó Izabella.

Az adminisztratív és mindennapi ügyeket a Kutatóközpont titkársága látja el.